Wetenschappelijk onderzoek moet herhaalbaar zijn. Dit wordt ook wel reproduceerbaar onderzoek genoemd. Een andere wetenschapper moet op basis van jouw wetenschappelijke verslaglegging je onderzoeksproject kunnen herhalen. Een transparante verwerking van meetgegevens kan bijdragen aan herhaalbaar onderzoek. Ieder artikel, proefschrift of verslag bevat een sectie getiteld “methodes”. Hierin beschrijft de auteur meestal slechts op hoofdlijnen welke berekeningen zijn uitgevoerd op de meetdata. Mensen die bekend zijn met het onderzoeksveld kunnen dit meestal wel volgen. Anderen hebben na het lezen van de methodesectie nog vragen. Soms kunnen zelfs ervaren wetenschappers niet uit de onderzoeksmethode afleiden welke berekeningen precies zijn uitgevoerd. Om het nog maar niet te hebben over de doorrekening van meetfouten… 

Een bijlage met leesbare R-code

Transparantie hoeft niet beperkt te zijn tot een korte sectie over de gebruikte methoden. Je kunt dataverwerking integreren in je verslag. Dataverwerkingssysteem R gebruikt gemakkelijk leesbare code die je dynamisch in je verslag kunt voegen. Bijvoorbeeld in de vorm van een bijlage. Dus kun je de gebruikelijke “methodes” sectie blijven gebruiken terwijl je een extra totaalinzicht in je berekeningen geeft met R. Dit geeft anderen de kans om je werk te verbeteren. En het maakt je wetenschappelijke werk reproduceerbaar, herhaalbaar. 

R-code in losstaande tekstbestanden

Wanneer je besluit R te gebruiken met LyX en LaTeX, kun je het beste de R-code in losstaande .R (tekst)bestanden stoppen. Zo kun je de R-code op zichzelf draaien met bijvoorbeeld R Studio. Je kunt je verslag vanuit LyX verbinden met de R-codebestanden. De R-code zal uitgevoerd worden wanneer je LaTeX het verslag laat letterzetten. Een extra mogelijkheid is om LyX een geletterzette versie van de R-code zelf in je verslag te laten opnemen. Zo kunnen de lezers van het gegenereerde pdf-bestand de berekeningen zien die je hebt uitgevoerd. Zie voor een voorbeeldrapport in pdf de blogpost “Grafieken maken van luchtconcentraties stikstofdioxide”.

Set your Text biedt gereedschap voor transparante gegevensverwerking met R

Een cursus of adviesgesprek met Set your Text stelt je in staat om over te stappen naar transparante gegevensverwerking met R. Neem gerust contact op voor een gesprek over de mogelijkheden.